FacebookもLineも登録時およびアプリのインストール時に、スマホ内のアドレス帳などの連絡先をインポートするのがデフォルトの選択になっていますので、うっかり「はい」「はい」「はい」と登録を進めると、アドレス帳などの連絡先をインポートしてしまいます。これを避けるには、登録の際に「連絡先をインポートするか」と聞いてきたところで「いいえ」を選択しなければなりません。
　
万が一、インポートしてしまった後で、削除したい場合の削除方法が下記にまとめられておりました。

FacebookやLINEに連絡先をインポートしてしまった！　削除するにはどうすればいい？ IT小ネタ帳｜@niftyプロバイダーサービス　at 2015.07.25
　
Facebookの場合の削除方法

Facebookに同期してしまった連絡先を削除するのは比較的、簡単で、まずはブラウザで「友達を検索」画面を開き、「インポートした連絡先を管理」にジャンプし、「インポートした連絡先」のすべてを選択。「Facebookに招待」をクリックしないよう注意しつつ、左下の「連絡先を削除」を選ぶ。その後、スマホ側でもFacebookアプリの設定画面で連絡先の同期をオフにしておくこと。

　
困ってしまうのはLineの場合。

LINEでもうっかり連絡先をインポートしてしまい、アプリを開くたびに表示される上司や家族、別れた恋人などのアイコンを見てため息をついている人もいることだろう。しかしLINEの場合、インポートしてしまった連絡先を削除するには一度退会するしか、今のところは方法はないようだ……。

　
一度手に入れた情報は削除させない？
なんてひどいサービスなんだ！